Le 15 mai 1576, Leurs Excellences de Berne (LLEE) fondent la Seigneurie du Brassus, avec pour les nouveaux Seigneurs du Brassus, le droit de percevoir des redevances et d’appliquer leur propre justice.

Michel Varro exerce la fonction de secrétaire d’État puis, en 1582, de syndic de la ville de Genève ; c’était un homme érudit, auteur d’un traité de mécanique hydraulique très remarqué à l’époque. Les Varro agrandissent leur propriété, qui englobe presque tout le territoire actuel du Brassus ; ils construisent vers 1660 une habitation appelée « château », qui était l’ancien Hôtel de la Lande, rehaussé en 1855, et incendié en 1934. Aux Varro succèdent les Chabrey, originaires du Faucigny, dont un représentant est syndic de Genève lors de l’escalade en 1602.

La seigneurie du Brassus durera 108 ans. Au cours de cette période prospère, les installations du ruisseau se sont développées, elles ont servi à fabriquer des boulets de canon pour les Genevois en guerre contre la Savoie, ainsi que divers instruments aratoires, fers pour la construction, etc. (On cite qu’en l’espace de quatre ans, 11’200 faux ont été fabriquées au Brassus). Les forges occupent alors 15 à 20 ouvriers.

En 1684, Dominique Chabrey, qui avait suffisamment d’activités à Genève, vend sa seigneurie du Brassus à LLEE. Dès lors le territoire du Brassus devient partie intégrante de la commune du Chenit (fondée en 1646).

Le 23 novembre 1908, le Grand Conseil promulgue un décret pour la transformation de la Société Paroissiale en Fraction de Commune.